Diplômé de l’Université de Montréal en criminologie, Jean-Pierre Charbonneau amorce d’abord sa carrière par le journalisme d’enquête sur le crime organisé, au journal La Presse puis au Devoir, ce qui le conduit à écrire un ouvrage imposant sur l’histoire de la pègre montréalaise et son rôle dans le trafic international des drogues, La Filière canadienne, publiée en 1975 aux Éditions de L’Homme. Ce livre lui vaut le prix Beccaria de la Société de criminologie du Québec. Ses écrits quotidiens sur les barons de la pègre lui avaient valu d’être la cible d’un tueur à gage qui avait fait feu sur lui en pleine salle de rédaction du Devoir le 1er mai 1973. A l’automne 1976, il choisit de se lancer en politique active et il est élu député de Verchères à l’Assemblée nationale du Québec dans l’équipe du Parti québécois de René Lévesque pour laquelle il sera membre de l’Exécutif national puis adjoint parlementaire du Premier ministre. Il sera réélu par la suite à deux autres reprises, en 1981 et 1985. En 1989, il réalise un rêve d’enfance. Il quitte la politique pour l’Afrique centrale où il dirige un programme de coopération volontaire. Mais la guerre qui embrase le Rwanda, l’oblige à rentrer au Québec. En 1992, il accepte de prendre la responsabilité de l’opération de sauvetage et de relance d’OXFAM-Québec, la plus célèbre organisation d’aide humanitaire du Québec.
De retour en politique en 1994 dans le comté de Borduas, il devient Président de l’Assemblée nationale du Québec en mars 1996 et, par le fait même, premier responsable de la diplomatie parlementaire du Québec. Il dote alors l’Assemblée nationale d’une véritable politique des relations internationales et fonde, en 1997, la première association interparlementaire des Amériques, la Confédération parlementaire des Amériques (COPA). Membre du Bureau de direction de l’Assemblée parlementaire de la francophonie, il en devient le président en 2001. Il a dirigé à l’étranger de très nombreuses missions parlementaires du Parlement québécois.
En janvier 2002, il est accepte les postes de ministre délégué aux Affaires intergouvernementales canadiennes, responsable des Relations avec les communautés francophones et acadiennes et de ministre de la Réforme des Institutions démocratiques. A ce titre, il lance et supervise les États-généraux sur la réforme des institutions démocratiques du Québec.
De retour dans l’opposition, en avril 2003, il devient porte-parole en matière de Sécurité publique puis de Santé. Le 15 novembre 2006, il quitte son poste de député de Borduas à l’Assemblée nationale, 30 ans jour pour jour après sa première élection. Il aura siégé au total pendant 25 ans au Parlement du Québec. Le 21 mai 2012, sa longue carrière politique et son engagement intense en faveur de l’indépendance du Québec lui méritent le prix Louis-Joseph Papineau décerné lors du Gala des Patriotes 2012.
Il est l’auteur de plusieurs textes portant sur l’éthique en politique et dans les média, sur la responsabilité citoyenne, sur les défis de la démocratie, sur l’aide et la coopération internationale. Il a aussi prononcé et prononce encore plusieurs conférences sur ces sujets. Depuis le mois de février 2007, il est analyste politique pour le Réseau de l’information (RDI) de la télévision de Radio-Canada dans le cadre de l’émission quotidienne le Club des EX. Jean-Pierre Charbonneau est, par ailleurs, président de Développement, Expertise et Solidarité internationale (DÉSI), une société affiliée d’OXFAM-Québec qui se spécialise dans l’envoi de retraités québécois pour de courtes missions d’aide humanitaire. Il est aussi membre du CA d’OXFAM-Québec. Il enseigne également de façon professionnelle le tai chi chuan. Il est incidemment président de L’Amicale québécoise de tai chi chuan et des disciplines apparentées, un organisme qu’il a fondé avec des amis en 2008.
A l’automne 2007, il a publié aux Éditions Fides ses mémoires autobiographiques sous le titre A découvert. Il y raconte son parcours engagé et passionné au service de différentes causes ainsi que sa démarche personnelle d’introspection et de libération intérieure.
